群体进化关系
利用全基因组重测序或简化基因组测序（dd-RAD）技术获得某物种自然群体各亚群的基因组信息，通过与参考基因组比对或聚类分析的方法得到大量变异信息，基于SN P信息讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成机制以及群体进化动态等生物学问题。
产品参数：
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基于重测序 |
基于简化 |
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测序平台及模式 |
Illumina HiSeq, PE150 |
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测序深度 |
>10x/个体 |
混合建库；Tag数≥10万，平均10x/Tag |
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项目周期 |
标准分析88天 |
标准分析80天 |
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样本选择 |
同一物种自然群体的不同亚种（或品系），每个亚群样本数≥10； 群体数≥3；总体不少于30个样本 |
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DNA样本量 |
总量≥0.5 μg，浓度≥10 ng/μl
（单个样本） |
总量≥0.5 μg，浓度≥10 ng/μl
（总样本） |
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参考基因组 |
必须有参 |
无参或参考基因组较大
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技术线路：
信息分析内容：
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序 号 |
分析项目 |
类 别 |
分 析 |
备 注 |
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1 |
下机数据统计 |
A |
√ |
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2 |
数据质控 |
A |
√ |
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3 |
高质量数据获取 |
A |
√ |
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4 |
序列比对分析 |
A |
√ |
仅限有参 |
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5 |
聚类分析 |
A |
√ |
仅限无参 |
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6 |
测序深度及覆盖度概述 |
A |
√ |
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7 |
染色体覆盖深度分布 |
A |
√ |
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8 |
群体 SNP 检测、注释及统计 |
A |
√ |
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9 |
群体特异性SNP统计 |
A |
√ |
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10 |
系统发育树构建 |
A |
√ |
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11 |
群体主成分分析 |
A |
√ |
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12 |
群体遗传结构分析 |
A |
√ |
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13 |
群体遗传多样性分析 |
A |
√ |
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14 |
基因流分析 |
A |
√ |
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15 |
有效群体大小统计 |
B |
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16 |
连锁不平衡分析 |
B |
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仅限有参 |
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17 |
选择性清除区域检测 |
B |
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仅限有参 |
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18 |
选择性清除区域基因的功能富集分析 |
B |
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仅限有参 |
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19 |
亚群特异性SNP统计 |
B |
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A：标准信息分析 B：高级信息分析 C：个性化分析
分析结果展示
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